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ATAC-seq与CUTTAG都是利用TN5转座体的作用,这两...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种用于研究染色质开放区域(即易于转录因子和其他蛋白质结合的DNA区域)的技术。ATAC-seq利用一个被称为Tn5转座酶的蛋白质将测序接头插入到活跃的染色质区域,转座酶的作用导致DNA断裂,产生长度不等的DNA片段。
ATAC seq技术就是利用了改造后的 Tn5转座酶 ,并将转座DNA设计为接头序列,这样便可以通过 “剪切” 和 “粘贴” 的方式,直接将测序接头引入到开放的染色质中,进行捕获测序。
要想知道ATAC-seq的作用,首先必须知道染色质的结构,以human为例,有一定molecular biology背景的人都知道,人类的DNA并不是裸露的,长度惊人的DNA链是以一种特殊的结构被“收纳”在细胞中的:DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。
原核生物的转座分为两种方式,复制转座和保守转座。复制转座的供体DNA完整,把通过复制的DNA片段插入基因位点上;保守转座则是从供体DNA上分离一段DNA,以转座酶作为中介,连接到目标DNA上而实现的 (又被成为 cut and paste 转座)。Tn5是极好的模型来研究保守转座模式。
转座子:一段可以从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后的基因起调控作用的DNA序列。转座酶:能把转座子从相邻序列中脱离出来。极活跃的Tn5转座酶 能 将测序接头插入到染色质可接近区域 。而染色质其他区域和组蛋白紧密结合,以核小体的形式存在,转座酶不能作用于非开放区域。
通过添加含有镁离子的反应液使Tn5转座酶开始发挥作用,这里面的细节可以参考我前面的帖子 组学技术——ATAC-seq 。
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