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ATAC-seq与CUTTAG都是利用TN5转座体的作用,这两...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种用于研究染色质开放区域(即易于转录因子和其他蛋白质结合的DNA区域)的技术。ATAC-seq利用一个被称为Tn5转座酶的蛋白质将测序接头插入到活跃的染色质区域,转座酶的作用导致DNA断裂,产生长度不等的DNA片段。
要想知道ATAC-seq的作用,首先必须知道染色质的结构,以human为例,有一定molecular biology背景的人都知道,人类的DNA并不是裸露的,长度惊人的DNA链是以一种特殊的结构被“收纳”在细胞中的:DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。
原核生物的转座分为两种方式,复制转座和保守转座。复制转座的供体DNA完整,把通过复制的DNA片段插入基因位点上;保守转座则是从供体DNA上分离一段DNA,以转座酶作为中介,连接到目标DNA上而实现的 (又被成为 cut and paste 转座)。Tn5是极好的模型来研究保守转座模式。
ATAC-seq ,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。什么是染色质可接近性/开放性?DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。
为同时获得同一细胞的转录组和表观组,10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术首先利用Tn5转座酶对细胞核悬液进行核DNA转座,Tn5转座酶优先切割开放染色质区域中的核DNA。
通过添加含有镁离子的反应液使Tn5转座酶开始发挥作用,这里面的细节可以参考我前面的帖子 组学技术——ATAC-seq 。
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